CIP Sistemleri membran yüzeylerinde saf su akış debisini ve iletkenliği olumsuz yönde etkileyen tabakalar oluştururlar. Bu birikimler membrandan uzaklaştırılmazsa membranda hasarlar meydana gelir Bu hasarlar membranın ömrünü kısaltır. Membranların yıkanması için sistem üzerinde kimyasal tank, pH – sıcaklık kontrolleri ile asidik ve alkali yıkama kimyasallarına karşı dayanıklı pompa kullanılır. CIP kimyasalları ile yıkama yapıldığı takdirde yıkanılan membranların performansı ve ömrü uzun olur.
